《芷眷清州》开篇于乱世烟尘，药铺千金沈芷兰突遭家族横祸，权贵构陷致满门抄斩，她侥幸逃生后隐去女儿身，以“沈兰”之名流落清州城，彼时寒门书生许砚秋为筹赈灾粮款困于当铺，与化名行医的沈芷兰因“药铺乌龙案”意外相识——她暗中赠药救灾民，反被污蔑为“药匪同谋”，二人同陷囹圄，命运自此缠绕。
为洗刷冤屈，沈芷兰以精湛医术救治许砚秋病重之母，却惊觉他暗藏贪官贪污铁证，一个为复仇隐忍，一个为苍生执笔，两人结成隐秘同盟：她以药草迷晕衙役，他凭才智破解密室，智取账本时，许砚秋窥见“沈兰”女儿身，却默契守秘，乱世并肩间暧昧滋生。
待清州阴云散去，他们联合义士扳倒贪官，她重振沈氏药行，他高中状元，暮春渡口，他当众掀开她帷帽：“此生非沈姑娘不娶。”万家灯火下，这段始于乱世、成于默契的爱情,终在清州土地上绽放出最动人的花。
